Program studi Pendidikan Agama Islam Universitas Islam Negeri (UIN) Mataram diresmikan pertama kali pada tanggal 24 Oktober 1966 dengan surat keputusan Menteri Agama Nomer 63 Tahun 1966. PAI menjadi program studi pertama dan menjadi cikal bakal sejarah lahir dan berdirinya UIN Mataram. Sejarah lahir dan berdirinya UIN Mataram dimulai dari PAI sebagai bagian dari IAIN Sunan Ampel pada tahun 1966. Ini kemudia berubah menjadi STAIN Mataram pada tahun 1997, IAIN Mataram pada tahun 2004, dan akhirnya UIN Mataram pada tahun 2017 hingga saat ini. Diantara program studi terbaik, prodi PAI memiliki banyak peminat setiap tahunnya, dengan jumlah pendaftar tertinggi. Memiliki jumlah sumber daya manusia yang memadai di lingkungan kampus UIN Mataram.
Perubahan status Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Mataram menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Mataram pada tahun 2017 membawa dampak signifikan terhadap pengembangan dan kebijakan program studi PAI di UIN Mataram. Perubahan ini memperkuat posisi program studi PAI dalam menyelenggarakan pendidikan agama Islam di kawasan Indonesia Timur. Tujuan utama transformasi IAIN Mataram menjadi UIN Mataram adalah untuk menghasilkan mahasiswa dan mahasiswi yang memiliki kemampuan akademik dan profesional, serta memiliki iman dan takwa dalam mengaplikasikan, menciptakan, dan mengembangkan ilmu pengetahuan keislaman dan teknologi yang berlandaskan ajaran Islam.
Program studi PAI adalah salah satu dari program studi tertua yang ada di UIN Mataram bila disandingkan dengan program studi lain yang ada di Fakultas Tarbiyah dan Keguruan, Fakultas Syari’ah, Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam, Fakultas Dakwah dan Ilmu Komunikasi, serta Fakultas Ushuluddin. Walaupun demikian PAI tetap eksis dan update di Fakultas Tarbiyah dan Keguruan. Lulusan program studi Pendidikan Agama Islam (PAI) akan memperoleh gelar S.Pd (Sarjana Pendidikan) sesuai dengan bidang keilmuannya.
Program Studi Pendidikan Agama Islam UIN Mataram telah mengalami perkembangan yang luar biasa dalam berbagai bidang selama 57 tahun berkiprah, dari tahun 1966 hingga 2024. Program studi PAI teus mempertahankan keunggulannya dalam bidang akademik, administrasi, dan kemahasiswaan berkat komitmennya yang kuat terhadap kualitas dan standar pendidikan.